クロマチン免疫沈降（ChIP）法は、細胞のクロマチン中の "タンパク質–DNA相互作用" を調べる技法である。
この技法を用いることにより、特定のゲノム領域と関係している複数のタンパク質を同定することが出来る。
また、逆に、特定のタンパク質に関係している多くのゲノム領域を同定することも出来る。
ヒストンタンパク質の他、"転写因子" や "転写補因子"、"DNA複製因子"、"DNA修復タンパク質" の結合の解析も行うことが可能。
↓ 大まかな実験の流れ
① ホルムアルデヒドを用いて細胞を固定し、細胞内のタンパク質–DNA相互作用を固定・保持する。
② Wash後、ソニケーションまたは酵素消化によりクロマチンを断片化する。
③ 特定のタンパク質またはヒストン修飾に特異的な抗体を用いてクロマチンを免疫沈降する。
④ 免疫沈降後、タンパク質–DNAを脱クロスリンクし、DNAを精製する。
⑤ 精製したDNAを様々な手法で解析する。