DNAシークエンシングは、DNAを構成する塩基配列を決定する手法であり、遺伝情報を解析するための基本的手段となっている。
手順としては、まず、PCRによって目的のDNA断片を十分量確保し、"サイクルシークエンス法" を行う。
"サイクルシークエンス法" とは、DNAの構成成分であるｄＮＴＰに "ｄｄＮＴＰ" を混ぜてPCR同様のDNA合成反応を行う方法である。
ｄｄＮＴＰはｄＮＴＰと同じく合成反応中にＤＮＡ断片に取り込まれるが、取り込まれた時点で合成反応はストップする。
ｄｄＮＴＰの４種類の各塩基 (A / T / C / G)には、それぞれ異なる蛍光色素が付けられており、末端の塩基が蛍光標識された様々な長さのＤＮＡ断片を得られる。
得られたDNA断片をシークエンサーに取り付けられた細い管に流し、その先の検出器で蛍光色素を検出する。
ＤＮＡ断片の長さが短いほど速く流れ、長いほど遅く流れるため、その順序と検出した蛍光の種類から、DNAの塩基配列を決定することが可能である。